Pro-tukipiste ry:n rahoitus koostuu pääosin julkisista avustuksista.
Vuonna 2020 rahoituslähteet olivat:
Sosiaali- ja terveysjärjestöjen avustuskeskus STEA (84,9 %)
Sosiaali- ja terveysministeriö (9,7 %)
Kuntien järjestöavustukset, Helsinki, Tampere ja Turku (4,6 %)
Yhteisvastuukeräyksen 2017 tuotto (0,5 %)
Muut, esimerkiksi jäsenmaksut, lahjoitukset (0,3 %)